Управлением Роспотребнадзора по Республике Адыгея  разработаны 9 ведомственных целевых программ (ВЦП):

1. ВЦП «Модернизация и обеспечение деятельности системы государственного санитарно-эпидемиологического надзора  Республики Адыгея (Санитарный щит)»

2. ВЦП «Профилактика массовых неинфекционных заболеваний обусловленных влиянием факторов среды обитания человека в Республике  Адыгея (Гигиена и здоровье)»

3. ВЦП  «Организация и проведение социально-гигиенического мониторинга в Республике Адыгея  (Соцгигмониторинг)»

4. ВЦП «Организация и обеспечение деятельности системы контроля за соблюдением прав потребителей в  Республике Адыгея (Защита прав потребителей)»

5. ВЦП «Создание и обеспечение функционирования системы государственного регулирования деятельности, связанной с использованием возбудителей инфекционных заболеваний и источников ионизирующего излучения (Лицензирование для здоровья)»

6. ВЦП «Модернизация и обеспечение функционирования системы предупреждения вредного влияния факторов среды обитания на здоровье населения (Регистрация для здоровья)»

7. ВЦП «Профилактика инфекционных и паразитарных заболеваний в Республике Адыгея (Стоп инфекция)»

8. ВЦП «Санитарная охрана территории  Республики Адыгея  (Санохрана)»

9. ВЦП «Совершенствование профилактики, усиление мер по предупреждению распространения ВИЧ-инфекции и СПИДа в  Республике Адыгея (СПИДу - нет)»

Ведомственные целевые программы включают характеристику проблем (задач), решение которых осуществляется путем реализации программ, включая анализ причин  их возникновения, целесообразность и необходимость решения на ведомственном уровне, описание поддающихся количественной оценке ожидаемых результатов реализации программы, включая как непосредственные результаты (представление государственных услуг определенного качества и объема), так и конечные результаты (эффект от предоставления услуг для их получателей).

Основные направления деятельности и планы работы Управления Роспотребнадзора по Республике Адыгея готовятся в соответствии с программно-целевыми методами планирования, включающими цели, задачи и мероприятия по их достижению.

Управлением Роспотребнадзора по Республике Адыгея  проводится ежеквартальное подведение итогов реализации ведомственных целевых программ, достижения запланированных индикативных показателей, эффективного расходования бюджетных средств.